Izgradnja Mračne kapije datira iz 1739. godine, kada je Beograd, po sklopljenom primirju sa Austrijom ponovo došao pod tursku vlast. U okviru nove bastionske trase podignuto je sedam kapija, od kojih su sve, osim Sava kapije, očuvane, među kojima je i Mračna kapija. Sa obe strane kapije nalaze se bočne prostorije, koje su postavljene na steni sa po jednim ložištem-kaminom, dok su dva otvora na Južnoj fasadi najverovatnije služila za konstrukciju za podizanje mostova.

Istraživački radovi rađeni su od 1960. do 1965. godine, a primetne su i određene intervencije na fasadama i u glavnom prolazu. Na kapiji su konstatovana oštećenja kamena i hidroizolacijskog sloja svoda kapije, kao i ostaci gareži, jer je ona, u jednom trenutku bila i stanište beskućnika.

Restauracija Mračne kapije rađena je kada i pešačka komunikacija u okviru kompleksa, koja povezuje donjegradski bulevar sa gradskim jezgrom preko Karađorđeve i Pariske ulice. Prema projektu Zavoda za zaštitu spomenika kulture grada Beograda vrednost radova na ovom objektu je 9.900.000 dinara. Zbog velikih oštećenja kamena u Mračnoj kapiji rađena su istraživanja u saradnji sa nemačkom firmom Remers, što je uticalo na produžetak radova i dodatno investiranje.

Radovi na Mračnoj kapiji završeni su 2009. godine.